Flensborg Havn er havnen beliggende i Flensborg. Havnen strækker sig fra Nordstaden på vestbredden af Flensborg Fjord via Havnespidsen til Kilseng på østbredden. I middelalderen rakte havnen i bymidten længere mod syd til Angelbogade. Havnen administreres i dag af Flensburger Hafen GmbH. Selskabet havde i 2014 en samlet omsætning på 367.883 tons.